具有百年历史的玉佛寺是上海唯一完整保存下来的佛教寺院，然而长期以来，玉佛寺却面临着建筑整体安全隐患、交通环境存在的安全隐患、重大消防隐患、高密度人群集聚的安全隐患等诸多相关安全问题。
据统计，在新春撞钟等极端状态下，寺院同时容纳的人数达到了7000人，普陀区每年都要出动七八十人的警力来维护现场安全。一面是大量人流聚集，而另一面是寺庙内的主体建筑间距紧密，且都是极易燃烧的砖木结构，寺庙内聚集的人群和香烛明火带来了巨大安全隐患。然而，寺院内又没有现代化消防设施，仅能依靠室外设消火栓、手提灭火器等，消防通道、疏散楼梯等均不符合消防安全的要求。
2012年1月，上海市公安局普陀分局就发出了《关于敦促上海玉佛禅寺加强改善基础设施消除安全隐患的函》。而在当时的上海市消防局防火部负责人曾杰看来：玉佛禅寺的砖木结构建筑与消防安全的要求确实相差较大，与国家规范距离也很大。在面临防火安全隐患的同时，玉佛禅寺内的天王殿、大雄宝殿等优秀历史建筑，由于年代久远，也都已经不同程度地出现了建筑结构上的安全隐患。
在2012年举行的上海玉佛禅寺公共安全问题研讨会上，上海房屋质量检测站站长陈洋出示了一份检测报告，显示玉佛禅寺的不少历史建筑已经发现虫蛀、开裂、变形等安全隐患，表现为木结构开裂、屋面缺损、管线老化等。其中，检测人员在天王殿发现了严重影响木建筑安全的白蚁，同时天王殿的部分柱子已发生倾斜，其中最大倾斜度已经超过了建筑安全要求。此外，玉佛禅寺周边无停车场的现状，与日益增加的信众香客需求，也导致了占道停车等问题，每逢重大香期都会对周边地区道路的正常交通产生影响。
玉佛寺每年的人流量有150万人次，每逢重大节日都是人山人海，大年夜到大年初一的一天一夜，人流量可以达到10万人次，砖木结构的寺庙建筑实在已难堪重负。玉佛寺方丈觉醒大和尚表示。此次大修方案中，根据市政府优秀历史建筑的保护要求，玉佛寺将保留天王殿、大雄宝殿两座建筑。其中天王殿原地不动，大雄宝殿向北移约30米，中间增设观音殿。大雄宝殿和观音殿之间为28.6米，比原来的15米增加了将近一倍，殿前广场面积将从目前的约495平方米扩大到995平方米。
同时，还将拆除重建东西厢房和玉佛楼的部分，将把原来的佛协、素斋等场所都辟为可供公众活动的佛殿。负责玉佛寺修缮工程的华东建筑设计研究院有限公司负责人介绍，为了消除寺内安全隐患问题，设计方案将大幅度降低建筑密度，寺院建筑面积从原来的9000多平方米降低到4000多平方米，以扩大应急消防场地。
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